Він став лордом-верховним адміралом і багато зробив для підтримки ефективності та покращення організації флоту. Він також виявляв значний інтерес до колоніальних підприємств; саме з його ініціативи в 1664 році у голландців було захоплено Новий Амстердам і на його честь перейменовано в Нью-Йорк. 12 червня 2024 р.
Джеймс намагався просувати римо-католицьку справу, звільняючи суддів і лорд-лейтенантів, які відмовлялися підтримати скасування законів про покарання релігійних дисидентів, призначаючи католиків на важливі академічні пости, а також на вищі військові та політичні посади.
З цих досягнень, мабуть, найвагомішим був його ретельного управління його мирним успадкуванням англійського престолу в 1603 році. Роблячи це, він об’єднав «старих ворогів», королівства Шотландії та Англії, під владою одного монарха.
Що зробив Яків II, щоб отримати абсолютне правління? Він проголосив католицизм державною релігією та розпустив парламент.
У 1686 році Яків II застосував свою концепцію централізованої держави до колоній, створивши величезну колонію під назвою домініон Нової Англії.
Його правління зараз пам'ятають передусім конфлікти через віротерпимість, але це також передбачало боротьбу за принципи абсолютизму та божественне право королів. Його усунення поклало кінець сторіччю політичних і громадянських протистоянь в Англії, підтвердивши верховенство англійського парламенту над короною.