Як визначити складність послідовності?

Складність послідовності невирівняного кінця обчислюється як добуток «спостережуваного словникового запасу», поділеного на «максимально можливий словниковий запас», для розміру слів від одного до семи.

Складність є вказівка ​​на ступінь випадковості послідовності: періодична послідовність має обмежену складність, розкладання нормального числа має експоненціальну складність.

Складність (позначається N) є кількість пар основ унікальної або неповторюваної ДНК у даному сегменті ДНК або компоненті геному. Це відрізняється від довжини (L) послідовності, якщо частина ДНК повторюється, як показано в цьому прикладі. наприклад розглядають 1000 bp ДНК.

Лінійна складність послідовності s дорівнює один із показників її передбачуваності. Він являє собою найменший ступінь лінійної рекурсії, якому задовольняє послідовність.

Регіони низької складності часто визначають як області зміщеної композиції, що містять прості повтори послідовності (1). Послідовність, збагачена недосконалими прямими та інвертованими повторами, також може розглядатися як послідовність з низькою складністю (5).

Уявіть собі програму, де користувач має ввести n елементів і зберегти їх у масиві. В цьому випадку, складність простору буде записана як O(n) у нотації Big O, оскільки в кінцевому підсумку масив міститиме n елементів. Якщо алгоритм використовує ті самі n елементів для створення двох масивів, складність простору буде O(2n).