Екклстон одружився з Мішкою, копірайтером, у листопаді 2011 року. Їхня перша дитина, син на ім’я Альберт, народилася в лютому 2012 року. Друга дитина, дочка на ім’я Есме, народилася в 2013 році. розлучилися в грудні 2015 року.
Екклстон одружився в 2010 році, а в лютому 2012 року став батьком свого первістка Альберта.. Ім'я його дружини ніколи не було оприлюднено, але Еклстон зворушливо говорив про неї та свого сина на виступі в Національному театрі в липні 2012 року, порівнюючи її зі своєю улюбленою матір'ю.
Це сталося після того, як Екклстон оприлюднив свою автобіографію 2019 року він мав анорексію та дисморфію тіла протягом більшої частини свого життя, пережив зрив і мав суїцидальні думки.
Однак насправді це було не так, і телекомпанія пізніше публічно визнала, що не консультувалася з Екклстоном перед тим, як опублікувати заяву про його відхід. З тих пір Екклстон розповів, що покинув «Доктора Хто», тому що «не міг порозумітися зі старшими”.
на 55 років Коли Капальді був спочатку обраний на роль, Капальді був лише на кілька місяців молодшим за Вільяма Хартнелла (Першого Доктора), коли він був обраний на роль, і є найстарішим актором після Хартнелла, який грав роль Доктора, і третім за віком актором, який зобразив персонажа.