Вони обидва були пов’язані один з одним із дитинства — завдяки подорожам у часі — і їхні стосунки розцвіли, оскільки вона була супутником його одинадцятого та дванадцятого втілень. Незабаром стало зрозуміло, що Клара і Доктор безперечно закохані одне в одного, незважаючи на те, що вони не стали коханцями.
У міру розвитку характеру Дванадцятого Доктора змінювалися і його стосунки з Кларою. У весняному інтерв’ю 2015 року Стівен Моффат зазначив це Доктор ніколи не переставав бути "одурманеним" Кларою, і що він «любить їх (компаньйонів) більше, ніж вони люблять його».
Клара розсердилася на Доктора за те, що покинув її під час кризи. Вона розлючена, що Доктор довірив їй зробити важливий для людства вибір. Вона обурена тим, що мало не прийняла неправильне рішення, а він її не зупинив.
Доктор нарешті дізнався правду про Клару на Тренцалорі і зміг врятувати її від загрози вітрів часу. Він безпечно повернув її на Землю, де вона почала працювати шкільною вчителькою.
Доктор і Клара були хорошими друзями, дуже близькими, але так і не стали парою (хоча у них була неймовірно кокетлива дружба). однак, Відсутність прямого роману не завадила Доктору та Кларі поділитися чудовим незграбним і кумедним поцілунком.