Найпростіший спосіб швидко визначити видовий рівень через пошук BLAST. Цей пошук порівнює послідовності в загальнодоступній базі даних NCBI під назвою GenBank з послідовністю, яку ви отримали для свого зразка.
Інтерпретація результатів BLAST. Результати BLAST показують усі таксони, які мають подібність послідовності до послідовності запиту на основі вибраної бази даних. Сторінка результатів містить підсумок пошуку, таблицю опису збігів, графічне зведення та вирівнювання, які можуть допомогти визначити якість або точність заданого збігу.
BLAST використовує статистичну теорію для створення бітової оцінки та очікуваного значення (E-значення) для кожної пари вирівнювання (запит для досягнення). Оцінка бітів дає вказівку на те, наскільки добре вирівнювання; чим вище оцінка, тим краще вирівнювання.
Ви можете використовувати числа для підрахунку положень основи або амінокислоти. Запит і Тема можуть представляти один і той самий ланцюг дволанцюгової ДНК. У такому випадку над вирівнюванням ви побачите оператор Plus/Plus Strand. Якщо нитки вирівнюються в протилежних напрямках, BLAST робить послідовність запиту плюсовою ниткою.
Мета: Починаючи з послідовності, визначте білок або ген і джерело. Порівняння послідовності білків і генів виконується за допомогою BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). На вкладці «Вирівнювання» поруч із пунктом «Перегляд вирівнювання» виберіть «Попарно з крапками для тотожності»..
Результати вибуху сортуються за значенням E за замовчуванням (найкращий удар у першому рядку). Чим менше значення E, тим кращий збіг. Вибухові удари з E-значенням менше 1e-50 включають збіги бази даних дуже високої якості. Вибухові удари з E-value менше 0,01 все ще можна вважати хорошим ударом для збігів гомології.