Есмінець, пізніше ідентифікований як Амагірі, вдарив у PT-109 прямо перед переднім торпедним апаратом правого борту, відірвавши правий борт корми човна. Удар підкинув Кеннеді навколо кабіни. Більшу частину екіпажу збило у воду.
Розтин виявив, що Кеннеді був вражений двома кулями. Один увійшов у його верхню частину спини та вийшов нижче шиї, хоча й закритий трахеотомією. Друга куля влучила Кеннеді в потилицю та вийшла з передньої частини черепа у велике вихідне поранення.
У Кеннеді були симптоми Хвороба Аддісона, порушення роботи надниркових залоз. Томас Аддісон, який описав хворобу, повідомив, що хворі демонстрували млявість, втрату апетиту, біль у шлунку та зміну кольору шкіри. Кеннеді показав ці ознаки.
Вранці 2 серпня 1943 року PT-109 патрулював протоку Блекетт на південній стороні острова Коломбангара, коли її правий борт був протаранений, підрізаний і серйозно виведений з ладу японським есмінцем «Амагірі».
Уламки ПТ-109 знаходилися в Травень 2002 року, на глибині 1200 футів (370 м), коли експедиція Національного географічного товариства під керівництвом Роберта Балларда знайшла торпедний апарат з уламків, який відповідає опису та місцезнаходження судна Кеннеді.
Але перший і єдиний матч Кеннеді проти Румунії закінчився його витягли після підкату, в результаті якого його коліно було "стерто та розірване на шматки". «Ти майже впадаєш у стан шоку», — сказав він офіційному подкасту «Селтік». «Я пам’ятаю, як сказав фізіотерапевту підняти мене, і вони були наполегливі.