Кишкова паличка має одна хромосома з приблизно 4600 кб, близько 4300 потенційних кодуючих послідовностей і лише близько 1800 відомих E.13 листопада 2014 р.
ДНК E. coli присутня в цитоплазмі через відсутність добре розвиненого ядра. Це містить одна хромосома розташований в середині бактеріальної клітини. Це дволанцюгова молекула, яка має кільцеву структуру.
Клітини, що містять два гомологи кожної хромосоми, диплоїдні; три гомологи, триплоїд тощо. Відповідно до цієї конвенції більшість бактерій загалом і E. coli зокрема містять один гомолог своєї єдиної хромосоми і вважаються гаплоїдний.
tumefaciens, A. Рубі та А. ризогени мають дві хромосоми (7, 15, 19). Однак деякі штами Agrobacterium мають маленькі лінійні хромосоми, тоді як вібріони зазвичай мають дві кільцеві хромосоми.
Кожен окремий геном містить від 4000 до 5500 генів, але загальна кількість різних генів серед усіх секвенованих штамів E. coli (пангеном) перевищує 16 тис.
E. coli має лише одну кільцеву хромосому, деякі разом із кільцевою плазмідою. Лабораторні дослідники повністю секвенували його хромосомну ДНК. E.