Сезон 2016 року став для «Сан-Франциско 49ерс» 67-м у Національній футбольній лізі (НФЛ), 71-м загалом, третім сезоном, коли вони грали домашні ігри на стадіоні Леві, і єдиним сезоном під керівництвом головного тренера. Чіп Келлі.
Зайферт змінив Уолша на посаді головного тренера 49ers і привів Сан-Франциско до перемог у Super Bowl XXIV і Super Bowl XXIX. Холмгрен виграв Суперкубок з «Грін Бей Пекерс» і тричі виступав на Суперкубок як головний тренер: 2 з «Пекерс» і ще один з «Сіетл Сігокс».
За свою кар'єру головного тренера Шанахан має показник 8-4 у плей-офф, що дорівнює . Відсоток перемог 667, що є найвищим показником в історії ліги без перемоги в чемпіонаті НФЛ або Суперкубку, за NFL Research.
Головний тренер Білл Волш привів 49ers до їхнього першого чемпіонату НФЛ, перемігши Bengals 26–21 у Super Bowl XVI.
Чіп Келлі був головним тренером San Francisco 49ers до Кайла Шанахана. Келлів був головним тренером лише один сезон, досягнувши результату 2-14 у 2016 році. Шанахан покращився до 6-10 у 2017 році та вивів «49ers» у Суперкубок через два роки, у перших двох матчах.
Але під час перебування Уолша на посаді тренера «Дев'ятки» стали командою 1980-х років, вигравши три Суперкубки і 10 з 14 ігор плей-офф.